Una tarea sustantiva del INAH es la investigación científica, que realizan más de 400 académicos adscritos a las disciplinas de historia, antropología social, antropología física, arqueología, lingüística, etnohistoria, etnología, arquitectura, conservación del patrimonio, conservación y restauración.

Hay también proyectos académicos sobre temas diversos, que forman parte de la labor de investigación que se realiza en el Instituto.