El vocablo Loltún proviene del maya-yucateco: lol “flor” y tun “piedra”, por lo que su significado podría ser “flor de piedra”. Las grutas de Loltún contienen una gran riqueza de evidencias paleontológicas. Derivado del análisis de materiales óseos de fauna pleistocena ahí localizados, se puede señalar que existieron animales como mastodontes, bisontes, camellos, lobos, caballos y una gran variedad de mamíferos, todos ya extintos.