En 1995 fueron abiertas al público las primeras cuatro salas de exposición permanente, donde se muestra la historia de Culhuacán desde el periodo prehispánico hasta el virreinato.
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En el Museo del Caracol hay 12 salas y el Recinto de la Constitución que tratan diversos temas de la historia de México desde los años finales del virreinato hasta la nueva Constitución de 1917.
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El inmueble que hoy alberga al Museo Histórico Regional del INAH en Ensenada fue construido en 1886, y es una de las primeras construcciones hechas en Baja California.
Su edificación inició con una sola planta para alojar al Juzgado de Primera Instancia y la Sub-Prefectura Política del Partido Norte, primeras oficinas administrativas en el territorio.
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